ha a kódod úgy néz ki, hogy valami ilyesmi (nyilván lebutítva csak a példa kedvéért):
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
...................
</head>
<body>
...........
<div id="page">
..........................
<iframe src="...."></iframe>
...................
</div>
</body>
</html>
Akkor pontosan ezt fogja látni a Google robotja is, és nem számít, hogy itt JavaScripttel akár kivettél, akár beraktál elemeket.
Hogy az iframe-ért mennyire büntet, azt már teljesen másik topicba tartozik (SEO), de az tény, hogy ha az a szempont, hogy a forráskódért büntet-e a Google vagy sem, akkor annak a JavaScripthez semmi köze, jelenleg ugyanis a Google keresőrobotja lesz@rja a JavaScriptes módosításokat. Ezért is kell arra ügyelni, hogy a tartalmak jól megjelenjenek kikapcsolt JavaScript mellett is, amennyiben számít a keresőoptimalizálás.
A Google Webmaster Tools-ban van egy Fetch as Googlebot opció, ha ezt megnézed, úgy fogod látni az oldaladat, ahogy a Google keresőrobotja látja - látod a headereket és a nyers forráskódodat.
Egyébként ha van rá alternatíva, legjobb elkerülni az ilyen iframe-es beágyazást, és megoldani másképp (saját dinamikus tartalom generálásával, API felhasználásával, stb.).