"Amúgy hol vannak a resteasy lib-ek? WEB-INF/lib-ben van mindkét war-ban ugyanaz a verzió?"
Igen, mindkér war WEB-INF/lib könytárában vannak a jarok. Ugyanaz a verzió, bár szerintem ez már nem sokat számít. 
"Én a "-verbose:class" -t is megnézném, hátha valami összefüggés kiolvasható belőle."
Jaja, tegnap már mentem vele egy kört, de elég nagyok ezek a warok, hogy az eclipse console 2 war esetén is kifusson a maxra húzott pufferből.
Köszönöm mindenkinek a tippeket, még szenvedek vele egy kicsit.
Legrosszabb esetben majd futnak külön jettyben.
Érdekességképpen:
Thread.currentThread().getContextClassLoader()
/* WebAppClassLoader=webapp2 */
org.jboss.resteasy.specimpl.ResteasyUriBuilder.class.getClassLoader()
/* WebAppClassLoader=webapp2 */
javax.ws.rs.core.UriBuilder.fromUri(absoluteUri).getClass().getClassLoader()
/* WebAppClassLoader=webapp1 */
javax.ws.rs.core.UriBuilder.class.getClassLoader()
/* sun.misc.Launcher$AppClassLoader@74f2ff9b */
javax.ws.rs.ext.RuntimeDelegate.class.getClassLoader()
/* sun.misc.Launcher$AppClassLoader@74f2ff9b */
javax.ws.rs.ext.RuntimeDelegate.getInstance().getClass().getClassLoader()
/* WebAppClassLoader=webapp1 */
org.jboss.resteasy.core.ThreadLocalResteasyProviderFactory (ami egy RuntimeDelegate) rendelkezik egy "org.jboss.resteasy.spi.ResteasyProviderFactory defaultFactory" field-del (ami szintén egy RuntimeDelegate). Bár threadlocal az osztály neve, de azt a funkcióját épp nem használja semmire, hanem a defaultFactory-val dolgozik, amihez a webapp1 anno már készített egy példányt. Ezen a példányon keresztül gyűrűzik be a rossz classloader a másik webapp-ba.
Az UriBuilder mélyén minden a webapp1 classloaderével készült.
org.jboss.resteasy.specimpl.ResteasyUriBuilder.class.getClassLoader()
/* WebAppClassLoader=webapp1 */
new org.jboss.resteasy.specimpl.ResteasyUriBuilder().getClass().getClassLoader()
/* WebAppClassLoader=webapp1 */
Feltételezem, úgy lenne ez szép, ha a közös libek közös classloaderrel töltődnének be (külön webapp-ban?), csak hát erős a gyanúm, hogy a sok war libjei más-más közös részhalmazzal rendelkeznek. 
Vaaagy, kicsomagolom a warokat egy helyre, és minden fusson a system classloaderrel. 
Ez már nagyon hekkes lenne.